月经结束后卵巢位置隐隐作痛可能是正常的生理现象，但也可能是子宫内膜炎、附件炎、盆腔炎、子宫内膜异位症等疾病导致的。
1、生理现象
月经结束后卵巢疼痛可能是是排卵时体内激素发生变化导致的，进而会出现轻微的腹痛，这是正常的生理现象，一般无须治疗，会随着月经周期结束而自行消失。
2、子宫内膜炎
子宫内膜炎主要是由于细菌上行感染子宫内膜引起的炎症反应。临床上一般会表现为下腹部疼痛、分泌物增多、月经异常等症状。月经结束后，体内激素的变化可能会刺激机体加重上述不适症状。患者可以在医生指导下使用甲硝唑、左氧氟沙星等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以遵医嘱通过微波治疗、红外线治疗等方式进行物理治疗。
3、附件炎
是指输卵管和卵巢的炎症，可能与病原体感染、性生活不良等因素有关，患者可能会出现下腹疼痛、阴道分泌物增多、发热等症状。在月经期间或前后，都可能会出现这些症状，患者可以在医生的指导下使用甲硝唑、多西环素等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以遵医嘱通过激光、微波等方式进行物理治疗。
4、盆腔炎
指女性上生殖道器官及其周围组织发生的炎症，包括子宫、输卵管、卵巢宫旁组织及盆腔腹膜等。炎症可能会刺激盆腔腹膜出现疼痛的情况，疼痛可能会向周围扩散，使患者出现卵巢部位疼痛的现象。患者可以在医生的指导下服用抗生素类药物进行治疗，比如阿奇霉素分散片、盐酸左氧氟沙星胶囊等。
5、子宫内膜异位症
是指有活性的内膜细胞种植于宫腔以外的位置而形成的一种妇科疾病，会导致下腹痛和性交不适等情况的发生，这些症状可能会随月经周期，在激素作用下呈现一定的变化。可以在医生的指导下使用布洛芬缓释片或吲哚美辛肠溶片等非甾体类抗炎药来减轻疼痛感，也可以考虑手术切除病灶。
除此之外，患者如果出现不适症状，建议及时就医治疗，以免耽误病情。同时，患者要注意勤换洗衣物，注意个人卫生，避免引起感染。