小便时阴蒂疼痛很可能是过度摩擦、外阴湿疹、外阴炎、阴道炎、尿道炎等原因引起的。
1、过度摩擦
如果患者在小便时动作过于剧烈，可能会导致阴蒂部位的皮肤受到过度摩擦，从而引起局部疼痛、红肿等不适症状。建议患者可以通过冰敷的方式缓解不适症状。同时，患者也可以在医生指导下使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等涂抹患处进行治疗。
2、外阴湿疹
主要是免疫异常、系统性疾病等原因引起的局部皮肤炎症反应。患者一般会表现为外阴部位红肿、瘙痒、疼痛等症状，在排便或者是小便时也可能会出现上述情况。建议患者在医生指导下使用他克莫司软膏、曲安奈德益康唑乳膏等涂抹患处进行治疗。
3、外阴炎
外阴炎是指外阴皮肤或黏膜的炎症性病变，可能与病原体感染、不良刺激等因素有关，患者可能会出现外阴皮肤瘙痒、疼痛、灼热感等症状。在排便或者是小便时也可能会出现上述情况。患者可以在医生的指导下使用克霉唑栓、硝酸咪康唑栓等药物进行治疗。
4、阴道炎
阴道炎是指阴道黏膜及黏膜下结缔组织的炎症，可能与激素水平、菌群失调、物理化学因素等因素有关，患者可能会出现阴道分泌物增多、阴道不规则出血等症状。在排便或者是小便时也可能会出现上述情况，患者可以在医生的指导下使用甲硝唑片、替硝唑片等药物进行治疗。
5、尿道炎
尿道炎是指发生于尿道黏膜的炎症，可能与病原微生物感染有关，患者可能会出现尿频、尿急、尿痛等症状。患者可以在医生的指导下使用盐酸环丙沙星片、头孢呋辛酯片等药物进行治疗。
在日常生活中，建议患者要注意休息，避免熬夜。如果患者症状严重应及时就医治疗，以免延误病情。