磁共振没有辐射，但在检测过程中由于幽闭恐惧症可能会导致心悸胸闷等不适，噪音可能对患者产生刺激而出现头痛、耳鸣等不适。此类患者通常在适当休息后即可缓解。
磁共振通常是利用其强力的外磁场，与人体中的氢原子核共振，经过一系列的反应从而进行计算机成像的技术。磁共振的工作原理不是源于放射线成像，而是氢原子核在磁共振诊断仪强大的磁场空间内，产生了共振，使原来杂乱无章的氢原子核一起按外磁场方向排列运动。这个全过程是由电脑收集到的，然后经过数码重构技术转化为影像，用于临床的诊断。属于相对安全的一项监测，但是由于磁共振检查是在一个相对密闭的空间中进行的，空间比较狭小，检查时间会比较长，因此对于幽闭恐惧症患者，在检查过程中会对精神造成一定刺激，产生恐惧感，出现心悸胸闷的情况。在做完核磁共振后，可能会因为噪声的刺激，导致患者出现头痛、耳鸣等不适。
磁共振检查由于检查仪器的特殊性，检查前必须取下身上的金属物品，如手机、硬币、钥匙、耳环、金属按钮、其他金属产品和电子物品，以免妨碍检查。检查中机器的噪音很大，在检查前做好心理准备。检查结束后，需要等待医生的指示，才能离开。