小孩不由自主的眨眼睛怎么办需要根据引起原因判断，常见于用眼过度、细菌性结膜炎、病毒性角膜炎等，避免造成小孩身体健康受损。
1、用眼过度
如果经常使用电子设备，如电脑、手机等，可能会影响眼睛视力，可能会有经常眨眼、看事物模糊等症状。可以通过按摩、热敷等方式缓解症状，调节眼部血液循环。不建议长期使用眼睛盯着电子设备，适当眺望远处，辅助改善症状。
2、细菌性结膜炎
如果小孩经常使用手指揉搓眼睛，容易受到外界环境中细菌等因素影响，对结膜产生刺激，造成结膜组织受损，诱发细菌性结膜炎，出现无意识眨眼、眼睛发红等症状。可以按医嘱使用妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等药物改善，用药治疗阶段，不建议使用手指揉搓眼睛。
3、病毒性角膜炎
可能是患儿受自身免疫力低下、病毒刺激等因素影响，造成角膜组织损伤，引起的一类角膜疾病，造成眼睛经常流泪、眼部瘙痒、畏光等症状。建议患儿遵医嘱合理使用阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦滴眼液等药物改善。
除此之外，也可能是小儿抽动秽语综合征等原因引起的。如果出现不适症状，建议及时就医，以免耽误病情。