通常情况下，检查小肠可以采用造影、小肠镜、胶囊内镜、小肠CT等。
1、造影
可采用口服钡剂或者碘水等方式进行摄片，从而通过碘剂在肠壁上附着的情况来判断有无小肠的憩室，小肠的肠梗阻，肿瘤以及其他相关的疾病。
2、小肠镜
经口进镜时主要检查空肠，回肠上段，而经肛进镜时通常检查回肠中下段，但此方法想完成整个小肠的检查在实际工作中比较困难。
3、胶囊内镜
主要通过口服胶囊内镜的方式，通过传感的方式来接收小肠胶囊内镜发出的图片，从而有助于判断小肠内相关的疾病。
4、小肠CT
检查时需服用泻药如聚乙二醇。大量饮用显影剂如泛影葡胺，饮用后聚集在小肠内，此时行CT检查包括影像重建，有助于明确小肠壁有无增厚，强化情况，及肠壁外肠系膜有无增粗，迂曲以及脂肪改变。对于诊断小肠疾病如克罗恩病，鉴别诊断肠结核淋巴瘤等均有一定帮助。
此外，还有小肠钡餐检查、核磁共振等检查。无论采取何种方法检查小肠，都需要到正规医院进行，合理选取检查方式，以免造成不良影响和伤害。