吃雷贝拉唑三个月胃萎缩，可能是因为药物不良反应、幽门螺杆菌感染、十二指肠反流等原因导致，需要根据不同原因采取相应治疗。
1、药物不良反应
雷贝拉唑是比较常见的质子泵抑制剂，主要是作用于胃黏膜壁细胞，能够抑制胃酸分泌，在临床上主要用于治疗胃溃疡、十二指肠溃疡、反流性食管炎等疾病。但是在服用药物之后会对胃黏膜造成刺激，导致胃酸分泌过多，引发药物不良反应，导致胃部萎缩。如果胃部萎缩症状并不严重，并不需要特殊处理，间隔一段时间之后一般可以恢复。如果胃部萎缩比较严重，需要立即停止用药，然后询问医生更换其他药物治疗。
2、幽门螺杆菌感染
如果在服用药物期间，个人免疫力低下，幽门螺杆菌感染会导致胃酸分泌过多，破坏胃黏膜屏障，导致萎缩症状加重。患者需要在医生指导下服用药物治疗，比如奥美拉唑、阿莫西林、克拉霉素等。期间还要做好饮食调节，避免进食刺激性或油腻性食物。
3、十二指肠反流
如果本身存在十二指肠反流，会导致胃酸分泌异常，长时间得不到控制，可能会导致胃黏膜萎缩。需要遵医嘱服用雷尼替丁、法莫替丁、奥美拉唑等药物治疗，期间还可以搭配硫糖铝、枸橼酸铋钾、铝碳酸镁等药物一起使用。
此外，还可能和十二指肠溃疡等有关，具体原因需要到医院进行检查后，明确判断对应处理。