孕46天有卵黄囊未见胎心胎芽，可能是检查时间过早所出现的正常现象，但也不能排除是胎停所引起的不正常现象。具体情况需结合患者自身综合考量。
怀孕46天时进行B超检查，如果发现有卵黄囊的存在，但无法检测到胎心和胎芽，可能是因为怀孕时间较短，胚胎还未着床。检查时可观察到卵黄囊，若胚胎还没有生长发育，身体无其他不适症状时，则属于正常的生理现象，孕妇可等待一段时间后再进行复查。若部分孕妇在怀孕46天时，无法检测到胎心和胎芽，但确有卵黄囊的存在时，应考虑可能是因为各种原因导致胚胎停止发育所引起的不正常现象。若确诊为胎停，就需要配合医生提前终止妊娠，进行清宫处理等治疗方式。
怀孕之后应定期前往医院进行检查。如果长时间不见胎心和胎芽，则需要在专业妇产科医生的指导下进行针对性处理。