甲状腺囊实结节3类一般不严重，结节较小时通常不需要治疗，但由于有恶变的可能，结节较大时则需要遵医嘱及时进行手术治疗。
甲状腺彩超或CT检查时发现甲状腺囊实性结节3类，一般提示良性的可能性很大。当甲状腺结节在辅助检查中显示为1-3类时，通常代表良性的可能性，恶变的可能性较低。如果甲状腺囊实结节直径小于1cm，患者没有局部和全身症状，可以定期接受检查，一般三个月到半年复查一次即可。如果复查时发现甲状腺囊实结节在短时间内快速生长，要警惕恶变的可能，应及时手术。
如果发现甲状腺囊实结节3类，但结节直径超过2cm，建议患者选择手术。虽然结节很可能是良性的，但结节较大时仍可能产生局部压迫症状，可能会影响健康。一般可遵医嘱通过全麻下切除甲状腺结节，术中可以冷冻。
此外，患者在饮食中应控制好碘的摄入量，出现不适症状要及时就医治疗。