通常情况下，吴茱萸味辛、苦，性热，归肝、脾、胃。
吴茱萸为临床比较常见的一种温里药，通常以其成熟果实部位入药。吴茱萸不但具有散寒止痛、降逆止呕以及助阳止泻的功效，还可用于治疗寒凝疼痛、胃寒呕吐以及虚寒泄泻等症状。需要注意的是，并非所有人群都适宜服用吴茱萸，由于其辛热燥烈，容易损耗人体内津气，所以阴虚有热者忌用，以免服用后导致病情加重。另外，由于吴茱萸存在一定的毒性，所以患者需在专业医生指导下使用，不可大量或长期服用，以免出现中毒症状，例如呕吐、腹痛以及腹泻等。
另外，由于吴茱萸性质较为温热，所以在服用吴茱萸期间，患者还要注意饮食，要少吃辣椒、花椒等辛辣刺激的食物，以免助火生热，引起口干舌燥、喉咙疼痛等上火症状。患者避免吃生冷食物，比如雪糕、西瓜等，否则会影响吴茱萸药效。