小孩的生殖器发育不良可能是由于遗传因素、营养不良引起，也可能与病理性因素有关，如甲状腺功能亢进症。根据不同病因，针对治疗。
1、遗传因素
若家长有染色体畸变、基因突变等遗传问题，可能会导致患儿生殖器发育不良。建议及时携带患儿去医院，在专业医生的指导下完善相关检查，积极配合进行针对性治疗，最大程度地改善小孩生殖发育不良的情况。
2、营养不良
由于患儿身体缺乏重要营养物质，如蛋白质、维生素D等，可能会影响小孩身体各项功能的正常发育，从而影响到生殖系统的发育。建议患儿平时注意饮食均衡，适当补充富含优质蛋白、维生素等的食物，如猪肉、鸡蛋、猪肝等。
3、甲状腺功能亢进症
甲状腺功能亢进症主要是由于甲状腺合成释放过多的甲状腺激素，造成机体代谢亢进和交感神经兴奋，影响性染色体的正常运作，导致患儿生殖发育不良。建议平时给患儿进行无碘饮食，同时在专业医生的指导下口服甲巯咪唑片、丙硫氧嘧啶等药物进行治疗。
除此之外，还可能是缺乏性激素、辐射、阴道炎、前列腺炎等原因导致的。由于患儿处于生长发育阶段，建议家长定期带患儿进行复查，密切监测治疗效果，积极配合医生进行治疗。若在治疗期间出现其他严重不适，建议及时就医。日常方面也要注意避免过度劳累，保持充足的睡眠。可以适当进行体育活动来提高机体免疫力，如羽毛球、篮球等运动。