低聚异麦芽糖对人体消化系统、免疫系统等有积极作用，但长期食用可能会导致血糖升高、胃肠道不适等不利影响。
低聚异麦芽糖能够维持肠道菌群平衡，加速胃肠道蠕动，起到促进消化的作用，可以帮助改善消化不良、便秘等不适症状。食用后还可以促进人体对维生素吸收，从而达到增强人体免疫力的作用。还能够降低血液当中甘油三酯和胆固醇的含量，达到降血脂和降胆固醇的作用，有助于改善心脑血管疾病。
需要注意的是，如果长期食用低聚异麦芽糖会造成血液内糖分堆积，容易出现血糖升高的现象，甚至会导致肥胖，因此不建议血糖高的人群食用。除此之外，长期食用还可能导致胃肠道不适，出现腹痛、腹泻等不适。此时应及时停用，严重时在医生指导下服用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利分散片等药物进行治疗。
如果在食用后出现不适，应及时就医。建议平时均衡饮食，不要过量食用。