生殖器有黑色的斑点不痛不痒大多考虑是色素痣、皮脂腺囊肿，男性可能是龟头炎等疾病，女性可能是尖锐湿疣、外阴炎等原因造成，建议患者前往医院就诊，根据引起的病因采取对应的治疗方式。
1、色素痣
色素痣大多是先天遗传、激素水平变化等原因，导致黑色素细胞良性增生所造成。大多会出现在容易摩擦的部位，例如腋窝、生殖器等。属于良性皮肤肿瘤，如果没有伴随不适现象，不需要特殊治疗。
2、皮脂腺囊肿
皮脂腺囊肿可能与遗传因素有关，也可能是因为毛囊堵塞等原因导致的，会使局部形成圆形隆起性的疙瘩，而且边界清晰，可活动，无压痛。若没有明显不适，则无需特殊治疗；若有继发感染时则需应用抗生素控制感染，如遵医嘱使用注射用青霉素钠、左氧氟沙星氯化钠注射液等。
3、龟头炎
如果不注意个人卫生、受到创伤等原因，阴茎包皮和龟头发生肿胀和炎症所造成的。在出现该疾病后，龟头部位可能会出现发紫、发黑，并且伴随疼痛、瘙痒等症状。可以在医生指导下通过甲硝唑片、氟康唑片等药物进行治疗。也可以通过包皮环切术等手术进行治疗。
4、尖锐湿疣
由于不良的性生活、交叉使用公共卫生用品等原因，在感染人乳头瘤病毒后，侵犯人体免疫系统，会在生殖器及肛门等部位，引发红色小丘疹，部分患者会出现黑色斑点、溃烂的现象。建议配合医生通过咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物进行治疗。
5、外阴炎
通常是由于细菌感染所造成的，会导致阴道分泌物增多或者是瘙痒等症状，如果不注意个人卫生，还有可能会造成炎症反复发作的现象。可以遵医嘱涂抹红霉素软膏、莫匹罗星软膏等药物缓解病情。
需要提醒的是，建议患者平时保持良好的卫生习惯，勤换洗内衣裤，避免不洁的性生活。