黄连配吴茱萸具有泻火、疏肝、和胃、止痛的功效。
黄连为一味中药，味苦、性寒，归心、脾、胃、胆、大肠经，用于湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、心悸不宁、高热神昏、目赤、牙痛、血热吐衄等。黄连还可外治湿疹、湿疮、耳道流脓等，常适用于肝胆湿热、心火旺盛者。吴茱萸是芸香科植物吴茱萸、石斛或疏毛吴茱萸的干燥近成熟果实。吴茱萸味苦、辛，药性热；归胃、脾、肝、肾经。吴茱萸由于具有温中止痛、疏肝理气、降逆止呕的作用，在临床上可用于治疗肝胃虚寒，浊阴上逆所导致的头痛、胃脘痛、冷痛、呕吐等症状。两药相合，苦降辛开，一清一温，共奏清肝降逆，行气止痛的效果。
吴茱萸的味道偏苦，并且有一定的毒性。一般在临床上用于治疗脘腹胀痛、呕吐吞酸以及五更泄泻等现象。但伴有阴虚火旺的时候，则要避免服用吴茱萸，以免加重不适症状。且中药配伍应用须在专科医生的指导下进行，切勿盲目自行服用中药，以免出现不良后果。