益生菌对人体具有调节肠道菌群、增强机体免疫力、降胆固醇、降血脂等功效与作用，可以有效改善调节胃肠道微环境，发挥防治腹泻的作用，具体用药需要遵医嘱。
益生菌能调节机体免疫力，主要是依赖于宿主的免疫系统，在机体中，益生菌可以通过激活吞噬细胞，进而提高细胞因子水平，增强自然杀伤细胞的活性和提高免疫球蛋白的水平，达到引导机体增强免疫反应的效果，而且不会引起有害的炎症反应，当多种益生菌搭配使用时，有协同作用。益生菌还有辅助降低胆固醇、降血脂的功能，益生菌的代谢能够阻止胆固醇在肠道内吸收，可以将胆固醇排出体外，达到降低血液中胆固醇的浓度的目的。益生菌还能预防阴道感染，益生菌中的嗜酸乳杆菌可抑制阴道内白色念珠菌的繁殖。存在相关适应证的患者，可以在医生指导下使用该药物改善疾病。
此外，益生菌还能缓解不耐乳糖症状，乳杆菌可帮助人体分解乳糖，缓解腹泻、胀气等不适。对于微生态制剂过敏的人群不可以服用益生菌，益生菌的冲调温度要适宜，一般温度控制在35-40摄氏度，水温过凉和水温过热都影响益生菌的活性，冲调后要及时服用，放置时间过久也会使益生菌失活。用药期间如有不适，需要及时停药就医。