一般不存在治疗胞内分枝杆菌肺病最有效药物这种说法。患者可使用克拉霉素片、阿奇霉素片、利福平胶囊等药物，但需要在医生的指导下用药，有利于疾病的恢复。
1、克拉霉素片
该药物属于大环内脂类抗生素，主要是通过阻碍细胞核蛋白50S亚基的联结从而抑制蛋白质的合成发挥药物的疗效，在临床可以用于治疗敏感菌感染引起的下呼吸道感染等疾病，所以对于这类肺病是有一定治疗效果的。但是对于过敏者一般是不建议服用的。
2、阿奇霉素片
阿奇霉素片与克拉霉素片的药物机制是相似的，主要是抑制细菌蛋白质的合成达到抗菌的目的，在临床可以治疗多种敏感菌感染引起的疾病，如胞内分枝杆菌、金黄色葡萄球菌等，需要遵医嘱进行用药治疗，避免出现不良反应的情况。
3、利福平胶囊
这类药物主要是与其他抗结核药联合用于各种结核病的初治和复治，所以对于该疾病是有一定治疗效果的。但是部分患者在服用后可能会出现胃肠道不适、其他反应的情况。对于过敏者、肝功能不全等人群是禁止服用的。
除此之外，还可以使用利福布汀胶囊等药物。在平时也要做好日常的护理，密切关注疾病的治疗情况，定期复查。