空调紫外线除菌对身体，一般情况下是没有影响的。但如果频繁对空调进行紫外线除菌，并且人可经常接触到，则可能有一定的影响。
紫外线对人体是有一定伤害的，如果皮肤经过紫外线照射以后，有可能会出现皮肤脱屑、皮疹、红肿等现象，如果经常紫外线照射，甚至还有可能会导致皮肤癌发生。紫外线杀菌，在杀菌的过程中势必会产生一些氧化腐蚀性能更强的物质，这些物质的存在直接影响人的身体健康，同时导致空调室内机换热器氧化腐蚀加重。紫外线对于眼睛也有一定的损害，眼睛在经过紫外线长期照射和过度照射以后，很容易会形成炎症，例如结膜炎、角膜炎。
因此空调紫外线除菌时尽量避免进入到除菌的房间内，一般等除菌结束以后开窗通风才进入，平时在外出时也要尽量避免紫外线长期照射。若有其他不适症状，建议及时去医院就诊治疗。