屁股两边肌肉酸痛可能是由生理性因素引起的，但也可能是由于腰椎间盘突出、双侧骶髂关节炎等病理性因素引起的，建议患者应及时前往医院就诊，明确原因后给予针对性治疗，以免延误病情。
1、生理性因素
通常包括如运动过度、长时间久坐等，都有可能引起臀部、骶尾部筋膜和肌肉过度受力，从而出现肌肉的痉挛或劳损，症状一般表现为臀部两侧肌肉的酸胀和疼痛等。可通过按摩的方式进行治疗，也可遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等解热镇痛药。
2、腰椎间盘突出
腰椎间盘突出临床上指腰椎间盘突出症，是由于椎间盘发生退行性变、纤维环破裂，髓核组织突出刺激和压迫马尾神经或神经根所引起的一种临床综合征。通常从臀部疼痛开始，沿着大腿后面、小腿外侧，至脚背的放射性疼痛。因此可出现臀部上两侧肌肉酸痛。可遵医嘱服用如甲钴胺、神经生长因子等营养神经药物进行治疗。必要时，也可进行手术治疗来改善。
3、双侧骶髂关节炎
双侧骶髂关节炎是指骶髂关节的炎症反应，分为原发性和继发性，严重程度跟关节磨损程度和自身的病情发展有关，轻者仅有腰臀部的疼痛，重者可导致关节磨损严重、活动障碍等。双侧骶髂关节炎会出现无菌性炎症反应，导致关节僵硬、双侧臀部疼痛，主要表现为臀部上两侧肌肉酸胀、疼痛。可遵医嘱服用如尼美舒利分散片、塞来昔布胶囊等非甾体抗炎药，以此来减轻局部的炎症，使疼痛得到缓解。
除以上常见因素外，也可能是由于坐骨神经炎、髋关节或骨盆骨折等引起的，应及时到医院完善相关检查，明确原因，再进行针对性的治疗。