肛周脓肿根治术后出现肛瘘主要是因为脓肿发生的部位和肛管直肠相通，术后脓肿缩小会在肛管直肠部位形成肉芽性管道，也就是肛瘘。
肛周脓肿是指直肠肛管周围软组织内或其周围间隙内发生感染而形成的脓肿，又称直肠肛管周围脓肿。手术是治疗肛周脓肿的首选方法，主要是切开脓肿，对脓液进行引流，从而消除脓肿。但由于肛周脓肿的脓腔大多和肛管直肠相通，即有内口。在手术切开排脓时，手术切口即外口，术后脓腔会收缩而形成瘘管，也就是出现内口、瘘管、外口一体的管道，即肛瘘。
由于肛周脓肿切开引流后，大多数会形成肛瘘，因此手术时常联合使用挂线术，即在切开脓肿后找到内口，切开皮肤后挂线，使脓肿完全敞开，避免肛瘘形成。手术之后需要患者每天定时排便，保持大便成形，避免大便过于干燥或者出现腹泻。若有其他不适，建议患者及时就医，由医生根据具体情况选择合适的手术方式来治疗。