磁共振即磁共振成像，CT即计算机断层扫描，均为心脑血管疾病的影像学检查方法，具体应选择哪种检查方法需要根据检查目的、患者病情、副作用等因素综合考虑。
1、检查目的
一般来说磁共振成像对于血管和心脏组织的分辨率更高，可以提供更准确的诊断结果，尤其是对于心脏功能、疾病的检测和评估更为敏感，计算机断层扫描对于软组织的分辨率较低，对于心脏功能和动脉狭窄的评估等方面相对不敏感。
2、患者病情
磁共振成像的检查时间较长，一般需提前预约，而计算机断层扫描检查时间相对较短、显像速度较快，对于一些紧急情况如急性脑卒中等可能更为适宜。
3、副作用
磁共振成像没有放射性，不会对人体造成辐射损伤，但计算机断层扫描会产生X射线辐射，如果频繁进行可能会增加辐射损伤的风险。
除此之外，还应听从医生的建议进行选择。心脑血管疾病的患者应该减少盐、糖和脂肪的摄入，尽量多吃低脂高纤维的新鲜蔬菜水果，同时患者也应避免情绪过于激动。