克林霉素和克林霉素磷酸酯正常情况下是没有区别的，两种药物只是名称不同而已，效果是一样的，都是抗菌药物。
克林霉素有口服和针剂注射两种方式，一般是用于治疗炎症，比如泌尿系统、呼吸道和生殖系统的感染，同时能对局部皮肤的外伤有一定的抗菌作用。而克林霉素磷酸酯是在克林霉素的基础上研制出来的，能够较好的减少药物对患者的副作用。
通常在使用克林霉素后，药效会在患者体内快速发挥，对血管刺激性较强；而克林霉素磷酸酯使用后，需要先在体内进一步的分解出克林霉素然后再产生药效作用。从化学角度上考虑，后者稳定性更好，但从实际应用角度方面看，两者差别并不大，抗菌效果是一样的。
如果患者年龄较小或者是妊娠期妇女，一般不提倡使用，建议患者在选择以上药物进行治疗时，可以先到医院的药剂科进行详细咨询，根据自身病情的检查结果在医生的指导下合理地用药。