长期服用纳豆激酶的副作用有胃肠道不适、过敏反应、皮肤内脏出血等，具体的情况还是要咨询医生进行了解。
1、胃肠道不适
任何药物都具有一定的刺激性，在平时如果大量进食，可能会对胃肠道黏膜造成损伤，进而会影响胃肠道的正常生理功能，临床后出现食欲不振、腹部不适等症状，严重者还可能会出现胃炎，胃溃疡等疾病。对于患有胃肠道疾病的人群，一般是不建议服用的。
2、过敏反应
患者如果是过敏体质，使用药物后可能会对药物中的某些成分过敏，进而会出现皮疹等过敏反应的情况。对于这类人群应禁止用药，同时对于正常人群要在用药前进行检查，避免盲目用药。
3、皮肤内脏出血
该药物具有抑制血小板聚集的作用那，确实如果长期大量用药，可能会影响机体的凝血功能，进而会容易导致出血的情况。
除此之外，还可能会对肾功能造成损伤等。为避免出现上述症状，在平时要遵医嘱进行用药治疗，定期复查，必要时酌情减量或停止用药，避免对身体健康造成影响。