怀孕45天有褐色分泌物可能是正常的，也可能是不正常的，具体需要进一步分析。
1、正常
在确认宫内孕的情况下，如果除了以上现象外，身体没有其他不适伴随产生，并且B超检查没有发现异常，考虑可能是孕早期生理变化。在孕早期由于身体内孕激素以及雌激素水平波动较大，可能会导致子宫内膜出现少量或者部分不规则脱落，诱发少量出血，引发以上现象。注意适当休息，随着时间延长一般会自行消退。
2、不正常
如果除了出现褐色分泌物外，还伴随有下腹部疼痛等不适症状，考虑可能存在先兆流产。如果还伴随有外阴瘙痒等症状，考虑可能是阴道炎诱发的阴道出血，具体病因需要就医检查才可以确认。
排除生理性原因后，如果就医确认有先兆流产的情况存在，需要及时配合医生使用保胎灵胶囊或者黄体酮注射液等药物来进行安胎处理。如果是存在阴道炎，需要根据感染的病原体类型由医生指导使用相应药物进行抗感染治疗。