黑芝麻不好消化，因为完整的黑芝麻表面有一层不容易消化的膜，所以难以消化和吸收，通常制成黑芝麻粉等形式。
黑芝麻不仅表面有一层难以消化的膜，还富含油脂、蛋白质、淀粉等，也不容易被消化，吃多了可能会出现腹痛、腹胀、反酸、烧心、便秘等胃肠道不适症状。一般将黑芝麻磨成粉，或者直接将其捣碎后食用，不仅容易消化，而且其中的有效成分更容易被人体所吸收和利用。黑芝麻具有健脑益智、促进大脑发育、增强记忆力的作用，非常适合学生、老师等脑力工作者和老人食用。黑芝麻中还含有大量不饱和脂肪酸、磷脂等成分可以保护心脑血管，降低总胆固醇含量，预防心脑血管疾病等功效。
除此之外，腹泻、慢性肠炎、经常上火等人群不适合食用，可能对身体造成不良影响。而且黑芝麻也不能与鸡肉一起食用，有可能引起食物中毒。