柠檬切开里面发芽了通常不能吃。
柠檬发芽大多是由于存放时间过长，储存的方式不对等因素所造成的，因为正常环境下，果肉内有一种发芽的酶，只有在果实变质后，果核才能够发芽，发芽后柠檬里的果肉也遭到了破坏，容易产生各种微生物，继续吃不仅不会为身体提供营养，还有可能会引发胃肠不适，如腹泻、腹痛、恶心等症状。因此柠檬切开后发了芽不能再吃。
柠檬里面含有大量的柠檬酸，如果患者胃肠道不好或者存在疾病，吃了后还容易导致病情加重，不利于疾病尽快恢复。此外，存放柠檬时要放在阴凉通风的地方，在柠檬切开后要立即吃完，避免长期储存导致变质。