肛周囊肿和肛周脓肿没有办法判断哪一种更为严重，都是属于比较严重的疾病。
1、肛周囊肿
肛周囊肿属于良性的囊性占位性病变，通常是由于皮脂腺继发梗阻、感染形成的囊性病变。早期会没有任何症状，但病程比较长，发展缓慢。一般情况下不会有太大的痛感，但病变的肿物会不断变大，当肿物逐渐变大时，就会发生表皮样囊肿的破裂，继而会发生感染、钙化等情况。会引起肛门周围组织的坏死液化，有脓液的形成，一般属于较为严重的情况，患者需通过手术的方式治疗，需要及时通过手术切除的方式治疗。
2、肛周脓肿
肛周脓肿属于肛周急性感染性疾病，经常发生在肛腺反复感染导致的。患者一般会表现出肛周皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿以及直肠黏膜下脓肿等症状。如果是浅表性的肛周脓肿，一般仅表现为局部的红肿热痛和一些轻微的感染中毒的情况。如果是深部的脓肿，而且全身中毒的症状通常比较严重，需要立即就医治疗，防止产生严重的并发症。如果治疗不及时会对肛门周围的组织产生较为严重的损伤，会影响到肛门周围括约肌，出现肛门功能的受损，还会导致肛门失禁的发生。肛周脓肿在诊断明确以后，建议及早地通过手术进行治疗。
在进行治疗的过程中，还需要用高锰酸钾热水对肛周进行清洗。日常生活中尽量不要去抓挠，以免引起感染，还要注意保持排便的顺畅，并且要定期去医院复查。