宝宝菌群失调，如果病情较轻，一般是能自行恢复的，但如果病情比较严重，可能无法自行恢复，仍然需要根据病情等因素综合讨论。
1、能自行恢复
由于宝宝年龄较小，胃肠道功能发育不完善，如果饮食不当，可能会导致宝宝出现消化不良、菌群异常等症状。但随着月龄增长以及合理调整饮食习惯，一般是能够自行恢复。
2、不能自行恢复
如果受到细菌感染或长期使用抗生素类药物，可能会强烈刺激胃肠道黏膜，宝宝可能出现腹泻、呕吐等症状，严重时甚至会引起大便带血、体重下降等，这种情况可能比较严重，通常无法自行恢复。宝宝可以在医生的指导下服用药物进行治疗，一般能够达到治疗的目的。
日常生活中，家长要合理调整宝宝的饮食习惯，避免宝宝吃辛辣刺激生冷的食物，比如辣条、冰淇淋等，同时还要严格遵医嘱，定期复查。