辅酶Q10的副作用主要是胃肠道副作用，如腹泻、胀气、恶心呕吐，也可能出现瘙痒、皮疹等皮肤病。辅酶Q10的禁忌主要是对辅酶Q10过敏的患者禁用，具体用药需要遵医嘱。
辅酶Q10主要用于营养心肌，改善心肌代谢，用于心血管疾病如病毒性心肌炎、慢性心功能不全，肝炎如病毒性肝炎、亚急性肝坏死、慢性活动性肝炎等的治疗，还能减轻放疗、化疗等引起的某些不良反应。辅酶Q10有轻微的降血糖作用，如果患者同时患有糖尿病，用药期间需要严格监测血糖。
此外，辅酶Q10属于处方药，建议患者及时到医院就医，遵医嘱正确用药治疗，切勿私自盲目用药，以免造成不良反应。