跑步牙龈痛多考虑是牙龈炎引起的，但也不排除是龋齿、牙周炎等疾病导致的，具体情况还是要去医院口腔科进行检查。
1、牙龈炎
患有牙龈炎通常局部是比较脆弱的，如果跑步时通过嘴呼吸，可能会导致冷空气对牙龈造成刺激，从而出现疼痛的情况，建议在医生的指导下使用过氧化氢溶液、头孢拉定分散片等药物进行治疗，必要时通过牙龈成形术等手术的方式进行缓解。
2、龋齿
多考虑是饮食不当、口腔卫生不洁等原因导致的，进而会导致牙齿出现损伤的情况，在临床通常会表现为疼痛，建议在医生的指导下通过牙体充填术、根管治疗术等手术的方式进行治疗，同时要养成良好的生活习惯。
3、牙周炎
患有该疾病主要是牙菌斑、饮食不当等原因导致局部出现炎症的情况，通常在跑步后可能会导致局部受到刺激，加重疾病的发展，出现疼痛的情况，建议在医生的指导下通过龈上洁治术，进行缓解，同时遵医嘱服用对乙酰氨基酚片，盐酸米诺环素胶囊等药物治疗。
另外，还可能是患有牙龈囊肿等疾病导致的，需要在医生的指导下积极治疗。