对血栓进行手术是有风险的，无论是动脉还是静脉，在血栓手术中都有可能会导致血栓脱落。
对于动脉来说，血栓脱落后，可导致远端肢体和器官缺血进一步恶化，严重时可导致患者肢体坏死甚至截肢，也可能会对器官的功能造成影响，例如严重影响肾功能导致肾功能衰竭。
如果是静脉血栓，可能会导致血栓在血栓手术过程中脱落到远端，从而进一步加重静脉回流的阻塞。常见的例子包括四肢深静脉血栓形成。过去，在血栓手术中首先进行下腔静脉滤器植入，以防止血栓在手术中脱落并引起肺栓塞，因为一旦发生肺栓塞，患者可能会出现胸痛和胸闷等轻微症状，严重时可能会导致患者呼吸困难、晕厥，甚至危及生命。
治疗后患者应采取预防措施，如避免长期卧床休息、加强体育锻炼、定期复查等。这样做可以预防血栓性疾病，减少复发的机会，并确保患者个人健康。