肠镜只能查大肠，小肠可以通过带有气囊的内窥镜进行检查。
小肠位于腹中，上端连接幽门与胃相通，下端通过阑门与大肠相连，是食物消化吸收的主要场所。小肠的长度一般在5-6米，普通的内窥镜一般很难对小肠进行检查，此时可以通过双气囊小肠镜或单气囊小肠镜进行检查，通过气囊辅助，能够将小肠管逐步套在内窥镜上，缓慢推动内窥镜，从而完成全小肠的检查。
小肠镜检查前，需要禁食，将小肠道内的食物完全消化干净以后，并在医生的指导下使用静脉麻醉，在检查过程中一般不会出现疼痛等不适症状。检查后需要合理调整饮食习惯，可以适当吃软烂的食物，比如小米粥、鸡蛋羹等，但避免吃辛辣刺激、坚硬的食物，以免引起不适。