从药物的组成、吸收率以及不良反应等方面考虑，硫酸氨基葡萄糖比盐酸氨基葡萄糖更具有优势。
1、药物组成
除氨基葡萄糖成分外，硫酸氨基葡萄糖中的硫酸根可以参与人体中软骨基质合成，而盐酸根则不参与，且它会加重人体肾脏的代谢负担。
2、吸收率
因为硫酸氨基葡萄糖的分子小，相对盐酸氨基葡萄糖，更容易被吸收。
3、不良反应
空腹服用时，有些人会因为服用盐酸氨基葡萄糖出现胃部刺激，而硫酸氨基葡萄糖尚无此类反应。
市面上已经批准硫酸氨基葡萄糖和盐酸氨基葡萄糖，说明经过主管机构的监测后，二者在治疗和副作用方面都是有效和安全的。建议患者在医生指导下规范使用，不可自行用药。如果用药过程中出现不良反应，应及时就医治疗。