跑步后膝盖不舒服多考虑是生理性因素引起，也可能是半月板损伤、滑膜炎等病理性因素。
1、生理性因素
由于过量的运动，或者过于剧烈地运动导致膝关节周围的肌肉、肌腱、韧带等软组织损伤，出现膝盖不适的症状。一般不需要治疗，多休息可自行缓解。
2、半月板损伤
半月板损伤是指膝关节在不同诱因下半月板完整性和连续性遭到破坏所产生的一系列临床症状，患者往往有明显疼痛、肿胀、积液、关节屈伸活动障碍等症状。患者可遵医嘱使用药物治疗，如双氯芬酸二乙胺乳胶剂、塞来昔布胶囊等。病情严重时会影响生活，需要进行手术治疗，主要采取关节镜下半月板缝合术、半月板移植等方法，术后还需要进行康复训练。
3、滑膜炎
滑膜炎是指滑膜受到刺激产生炎症，造成分泌液失调形成积液的一种关节病变，主要表现为膝关节肿胀、疼痛，若病情持续进展，可导致关节粘连，出现膝关节活动受限。可在医生的指导下服用萘普生片等药物治疗，还可通过热敷、超短波等理疗缓解肿胀，减轻炎症反应。
除以上原因外，还可能是髌韧带止点炎症、膝关节炎等原因，若出现任何不适，及时就医进行检查，并对症治疗。