肛门两侧有小疙瘩可能是毛囊炎、肛周湿疹、尖锐湿疣等原因引起，建议患者应及时前往医院就诊，明确原因后给予针对性治疗，以免延误病情。
1、毛囊炎
由于皮脂腺分泌不畅所引发的，和久坐造成局部不透气有关，局部会伴有红肿疼痛的症状。一般保证皮肤清洁干燥注意卫生可自行消退，如不能自行消退可遵医嘱使用莫匹罗星软膏、酮康唑乳膏等药物治疗。
2、肛周湿疹
肛周湿疹是一种仅限于肛门附近的皮肤，少数可累及会阴，瘙痒，经常是湿疹，皮肤渗出肥大，长有小疙瘩，可出现龟裂，仅限于肛周。可以在医生的指导下应用甲硝唑凝胶、红霉素软膏等药物治疗。
3、尖锐湿疣
尖锐湿疣是一种常见的肛周疣状增生物，是一种常见的感染，主要以丘疹、斑块、乳头样或菜花样赘生物为主。根据个人情况，可以遵医嘱选择激光、冷冻、微波、电灼、光动力疗法等物理治疗，同时可以根据病情选择咪喹莫特、鬼臼毒素等治疗。
除了以上几种情况之外，还可以考虑是痔疮、肛门息肉、肉芽肿等引起的，应及时到医院完善相关检查，明确原因，再进行针对性的治疗。