一般不存在婴儿肛门囊肿怎么治疗最好的说法。婴儿肛门囊肿大多可采取一般治疗、药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。
1、一般治疗
家长要保持婴儿肛门部位清洁、干燥，避免婴儿用手触摸或抠挠，以免滋生细菌，引起继发性感染。
2、药物治疗
若症状比较轻微，可以遵医嘱使用头孢克洛、甲硝唑等药物进行治疗，还可以在排便后进行坐浴缓解症状。家长不可私自给婴儿用药，以免出现严重的副作用。
3、手术治疗
手术治疗是治疗肛门囊肿最主要的方法。对于药物治疗效果不佳的婴儿，可考虑进行手术治疗，将肛门囊肿全部切除。
肛门囊肿的婴儿在治疗期间应采取侧卧位休息，以免对患处造成刺激。另外，若婴儿采取手术切除治疗，家长在术后应注意创口清洁卫生，同时还要避免创口沾水，以免引起细菌感染，不利于愈合。