宝宝吃奶摇头，可能是由于生理性因素引起的，但也可能是由于头癣、缺钙等因素引起的。具体原因要根据情况进一步分析。
1、生理性因素
如果室内温度过高，宝宝在吃奶的过程中，可能会有出汗较多的表现，尤其头皮部位的汗液，有可能会对皮肤产生刺激，进而会有瘙痒的症状，孩子吃奶时会通过摇头的方式，从而改善局部刺激现象。
2、头癣
头癣是由真菌感染引起的难治性皮肤病，其典型皮损为毛囊周围红斑，除去结痂，下面是鲜红糜烂面或浅溃疡。可破坏毛囊引起永久性脱发，愈后遗留萎缩性瘢痕可伴不同程度的瘙痒和疼痛，并有特殊的鼠臭味。宝宝可能会在吃饭的过程中，因为头癣刺激的原因，所以会产生头皮瘙痒，进而会有吃奶时摇头的症状。可遵医嘱选择外用抗真菌药物，比如盐酸特比奈芬乳膏缓解症状。症状严重者，可在医生指导下服用盐酸特比萘芬片等缓解症状。
3、缺钙
宝宝缺钙可能是喂养方面钙和维生素D摄入不足或食物搭配不当导致的。其症状可能有睡眠障碍、消化道不适、畸形发育、精神症状、发育迟缓等。宝宝吃奶由于体内钙元素缺乏所致，所以会引起交感神经兴奋，从而出现上述症状。建议及时带小孩前往医院进行血钙等相关检查，明确是否存在低钙血症，若是明确患有低钙，建议在医师指导下开始补钙，如服用葡萄糖酸钙或钙片等。
宝宝吃奶时摇头，还可能是由于其他原因如湿疹所致，需明确原因后再做处理和治疗。