肛门毛囊炎是否会自愈应结合具体情况分析，不可一概而论。其一般分为能够自愈、无法自愈两种情况。
1、能够自愈
临床上多数肛门毛囊炎能够自愈，因为肛周毛囊为人体表浅的腺体，如果感染程度较轻，在感染破溃后基本可逐渐自愈。但患者也需注意局部卫生清洁，同时还要避免久坐。
2、无法自愈
如果患者肛门毛囊炎的症状严重，或不注意局部卫生、久坐，大多无法自愈。对于无法自愈的肛门毛囊炎患者，可使用药物进行治疗，例如头孢呋辛酯、头孢氨苄等。另外，建议患者在医生的指导下用药，以免出现严重的副作用。
肛门毛囊炎的患者在治疗期间要避免搔抓患处，同时还要避免穿过紧的裤子，以免外界刺激导致症状加重。