肚子疼指的是腹痛，有褐色分泌物通常指的是阴道有褐色分泌物。孕早期腹痛有褐色分泌物，多考虑是着床出血引起的，但也不排除是先兆流产、异位妊娠等原因导致的，需要在明确病因后接受有效的治疗。
1、着床出血
孕早期胚胎会在宫腔内着床胚胎着床，过程中可能会对子宫内膜造成一定的刺激，就会导致局部出血。一般是正常现象，不会导致病变的程度持续加重，而且出血量并不是很多，通常会持续两天到三天。在此期间注意卧床休养一段时间，同时要做好身体的护理。
2、先兆流产
若是在孕早期阶段黄体功能不全，或者是体内的激素水平上升比较缓慢，可能会出现腹部疼痛、阴道出血等症状。患者可以在医生的指导下服用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物，可以达到保胎的效果，日常也需要注意放松自身的心态，不要有心理上的压力。
3、异位妊娠
如果胚胎没有在宫腔内着床，反而在输卵管部位着床，随着时间的推移可能会导致输卵管破裂出血。患者需要及时到正规的医院就诊，通过手术治疗的方式改善症状。术后注意护理，避免剧烈运动，以免引起不适症状加重。
除上述较为常见的原因外，也有可能是子宫内膜息肉、宫颈炎等原因导致的，需要及时就医诊断。