通常情况下，功能性肠病指的是功能性胃肠病，功能性胃肠病大多数不能根治，会反复发作，可通过改善生活习惯、心理治疗、药物治疗的方式治疗。
1、改善生活习惯
通常是因为熬夜、暴饮暴食，过度食用辛辣食物、抽烟酗酒等因素，损伤胃黏膜导致的功能性胃肠病。可通过保持充足的睡眠，食用易消化的食物，少食对胃肠道有刺激性的食物，特别是浓茶、咖啡、辣椒等缓解症状。
2、心理治疗
如果功能性胃肠病发病时间过长，会产生一些精神以及心理方面的症状。可通过运动，外出散步、向家人或者朋友倾诉等方式缓解压力，严重患者建议咨询心理医生，疏导心理。
3、药物治疗
建议在医生的指导下使用埃索美拉唑镁肠溶片、美沙拉嗪肠溶片等药物治疗。可降低功能性胃肠病的危害性，促进患者的胃肠功能恢复，可以改善腹痛、腹胀的症状。
此外，建议日常多吃新鲜的蔬菜水果，补足维生素，忌辛辣油腻，三餐定量，保持乐观的心态。