蒙药和中药的药用部位、常用程度、炮制方法、用法等方面可能存在不同。
1、药用部位
一部分蒙药和中药同名，但药用部位却不同。如蒙药中龙胆药用部位为其花，而中药用其根。
2、常用程度
中药中常用的一些药物蒙药中就不太常用，而蒙药中的常用药中药就不太常见。如中药甘草在中药复方制剂或处方中出现率较高，而蒙药中只有止咳祛痰平喘的复方和少数止吐复方中出现。再如蒙药诃子在蒙药方剂中出现率很高，而在中药处方中很少出现。
3、炮制方法
蒙药多生用，少数需要加牛奶、马奶、酸马奶、羊肉汤等进行炮制，而中药的炮制方法非常多，应用更广泛。
4、用法
蒙药治疗疾病一般用复方，并且一天选用多种复方制剂，少则每天用3种，多则每天用6种。且蒙药用量小，每次服药量相对小。而中药传统的用药习惯是每天用一副汤剂或用一两种复方制剂。
蒙医和中医都是正规的治疗方法，建议患者遵医嘱用药。