近视眼手术是否是两只眼睛一起做，还需要根据所选择的手术方式进行分析。
近视眼手术主要包括准分子激光手术、晶状体植入手术等，如果近视的程度比较轻微，属于轻、中度近视，可以选择准分子激光手术进行治疗，通常是两只眼睛一起矫正，能够恢复正常的视力，让患者摘掉眼镜。如果近视的程度比较严重，属于高度近视，可能需要选择晶状体植入术来改善视力，此时两只眼睛需要分开进行手术。
做完手术之后，应改变不正确的用眼习惯，避免长时间的使用手机、电脑等电子设备，也不要经常用手揉眼睛。同时应注意眼睛部位的卫生，可以在医生的指导下合理使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素地塞米松滴眼液等抗生素类的药物进行治疗，以免出现感染的情况。同时需要定期到医院复查明确视力的恢复情况，调整相关的治疗措施。