两个牙之间缝隙根部疼，多考虑是食物嵌塞造成的，但也不排除是牙结石、牙龈炎等原因引起的，需要根据病因对症治疗。
1、食物嵌塞
牙齿缝隙较大、牙齿错位等，容易导致食物嵌塞，会刺激牙龈出现疼痛的症状。一般可以通过漱口进行缓解，还可以使用牙线清除嵌塞的食物。
2、牙结石
喜欢吃黏性的食物、长期吸烟等，有可能会形成牙结石，会对牙龈造成刺激，有可能会出现疼痛、牙龈出血、牙龈萎缩等症状。日常应注意保持口腔清洁，还可通过龈上洁治术、龈下刮治术等方式进行治疗。
3、牙龈炎
不注意口腔清洁、刷牙方式不当等，有可能会诱发牙龈炎，通常会出现牙龈颜色变化的情况，还会伴随出现肿胀、疼痛等现象。患者可以在医生指导下使用复方氯己定含漱液等进行改善，日常还需要注意勤漱口。
除此之外，还可能与龋齿、牙周炎等有关，建议患者及时去医院的牙科就诊，以免延误病情。