如果存在胃肠道黏膜病变、胆胰疾病、胸腔疾病等情况，需要做超声内镜检查。
1、胃肠道黏膜病变
存在胃肠道黏膜病变的患者，多数是细菌感染所造成的，也有可能是息肉所引起的。此时可以通过超声内镜检查进行确定，在一定程度上还可以明确病变的具体位置，有助于医生更好的为患者制定治疗方案。
2、胆胰疾病
如果存在胆胰疾病，单纯进行腹部彩超检查，可能无法准确判断。此时可以通过超声内镜检查的方式进行确定，在一定程度上还可以将全部的胆胰组织显示清楚，可以明确发病的原因。
3、胸腔疾病
如果存在胸腔疾病，比如胸腔积液，此时进行超声内镜检查，在一定程度上可以准确判断积液量的多少，然后再进行合适的治疗。
除此之外，如果存在门静脉高压、肠癌等疾病，也可以进行超声内镜检查。