通常情况下，宝宝做核磁共振一般不会产生危害，但可能会对宝宝周围神经产生刺激，出现哭闹的情况。
核磁共振是较安全的影像学检查方式，主要利用较强的外部磁场与人体当中的氢原子核成像，能够了解检查部位是否存在病变。该检查手段也可以检查病变范围以及严重程度，此检查本身并不具有辐射，对身体一般不会产生危害。但核磁共振时会产生相对较大的噪音，可能会对宝宝周围神经产生刺激，出现哭闹的情况，经过安抚、休息后症状会自行消退。
装有心脏起搏器、电子耳蜗等电子装置的患者要禁止进行此类检查，进入检查室之前，一定要遵医嘱去除身上带有金属的物品，以免对身体造成伤害。如果是对消化系统检查，需要空腹，如果是对中枢神经系统，呼吸系统，泌尿生殖系统等进行检查，则不用空腹。