艾普拉唑和奥美拉唑是没有效果好坏区分的。药物的选用要看个人的体质和病情的严重程度，需要在医生的指导下服用。
艾普拉唑，是一种强效的质子泵抑制剂，具有一定的抑制胃酸分泌、保护胃肠道黏膜的作用。主要用于反流性食管炎、十二指肠溃疡，以及幽门螺杆菌感染等疾病。对此药物过敏者禁用，服药期间可能会出现腹泻、头晕头疼等不良反应，服用该药还需注意不宜长期服用。
奥美拉唑属于质子泵抑制剂，具有抑制胃酸分泌、降低胃内酸度等作用，主要用于十二指肠溃疡、胃溃疡、上消化道出血和反流性食管炎等疾病。可以改善上腹部疼痛、反酸等症状，还可促进黏膜溃疡、糜烂的愈合。奥美拉唑的耐受性良好，可能会出现腹泻、胃肠胀气及便秘等不良反应，还可能会偶见眩晕、嗜睡、失眠等症状。对奥美拉唑过敏、严重肝肾功能不全患者禁用。
用药要根据患者的体质和病情的严重程度来决定，所以在治疗的时候一定要严格按照医嘱服用，以免引起副作用。