阴囊部位长小肉疙瘩，可能是疖肿，也有可能是生殖器疱疹、尖锐湿疣等原因引起，建议遵医嘱采取合理的治疗方案，以免延误病情。
1、疖肿
不注意阴囊部位的皮肤卫生，导致局部皮肤受到金黄色葡萄球菌感染，可能会造成疼痛、发红、结节等症状，严重时还可能会引起化脓。患者可以遵医嘱，通过手术排脓的方式进行治疗。同时，也可以遵医嘱通过莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物治疗，有助于病情后期好转。
2、生殖器疱疹
如果局部皮肤受到了单纯带状疱疹病毒感染，可能会使局部皮肤出现小水泡，严重时还可能会逐渐形成溃烂、肿痛等现象。患者可以遵医嘱通过喷昔洛韦软膏、阿昔洛韦软膏等药物进行治疗。此外，也可以通过碘伏对局部进行擦拭，帮助消毒杀菌。
3、尖锐湿疣
如果局部皮肤受到了人乳头瘤病毒感染，可能会出现类似菜花状的赘生物，可能会引起疣体破损，影响到正常的性生活。患者可以遵医嘱通过5%咪喹莫特霜、氟尿嘧啶软膏等药物进行治疗。病情严重时，也可以通过激光或者是冷冻等方式进行辅助调理。
另外，阴囊部位长小肉疙瘩还有可能是皮下囊肿等原因造成的，建议及时前往医院，明确诊断并采取合理的治疗措施。