三岁宝宝晚上咳嗽厉害的治疗，需根据其引起的病因进行综合评估，可能是咽喉炎、支气管炎、咳嗽变异性哮喘等原因引起的。
1、咽喉炎
咽喉炎是一种咽喉部黏膜的急性炎症，三岁宝宝如果发生了咽喉炎，晚上睡觉时就可能出现咳嗽厉害的症状，常见的症状有咽喉部的异物感、咽痒、咳嗽、咳痰等。如可以在医生的指导下使用针对病原菌给予抗感染药物进行治疗，还可给予乙酰半胱氨酸等药物来化痰。建议患者清淡饮食，不要吃咸的、甜的，不要抽烟、喝酒，尽量减少上火、熬夜等不良的作息习惯。
2、支气管炎
支气管炎是一种气管、支气管黏膜及其周围组织的炎症性疾病，三岁宝宝如果得了支气管炎，也可出现咳嗽厉害的症状，会有鼻塞、流鼻涕、嗓子疼、咽干、咽痒或者声音嘶哑的症状。如可在医生的指导下可给予抗感染药物进行治疗，还可给予布地奈德、氨溴索等药物雾化吸入减轻咳嗽、咳痰的症状。如是流行性感冒，治疗时应该用抗流感的治疗，遵医嘱如奥司他韦。
3、咳嗽变异性哮喘
咳嗽变异性哮喘是一种特殊类型哮喘，慢性咳嗽为主要表现，没有明显的喘息、气促的症状，三岁宝宝如果患有咳嗽变异性哮喘，也会出现晚上咳嗽厉害的症状，伴有胸闷、呼吸困难、喘息等症状。如可在医生的指导下可给予布地奈德等药物进行治疗。如急性发作或出现严重症状患者，可口服激素，遵医嘱如泼尼松等。
除以上原因外，还可能是肺炎、呼吸道感染等原因，如果三岁宝宝出现晚上咳嗽厉害的症状持续不缓解，应及时就诊，以明确病因，遵医嘱用药，以免延误病情。