扁桃体隐窝脓栓塞发臭的原因是扁桃体隐窝含有腐败和厌氧细菌感染，可以用漱口液、抗菌药物和手术切除来治疗。
扁桃体隐窝脓栓常见于慢性扁桃体炎。主要原因扁桃体隐窝内大量脱落的上皮细胞、淋巴细胞、白细胞和细菌聚集形成脓栓，隐窝内容易残留奶酪样腐败物或者大量厌氧细菌感染，从而导致异味。出现扁桃体炎时，可以使用呋喃西林溶液、复方硼砂溶液和复方洗必泰漱口液进行漱口，起到清洁口腔、抗炎杀菌的作用。同时，可在医生的指导下使用青霉素V钾片、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等药物控制感染。如果扁桃体炎反复发作，或扁桃体过度肥大，妨碍吞咽、呼吸及发声功能，可考虑行扁桃体摘除术。
日常生活中，要保持良好的饮食习惯，建议清淡饮食，少吃油腻、辛辣的食物，平时应注意适量运动，避免精神压力，保证睡眠质量。