巧克力囊肿微创手术通常采取腹腔镜的方式，从而使疾病得到有效的控制。
巧克力囊肿属于卵巢、子宫内膜异位增生引起的病变，患者在发病期间可能会出现下腹部疼痛、痛经等症状，还有可能会影响正常的性生活。如果囊肿的体积持续增大，而且伴随剧烈的腹痛症状，应通过腹腔镜手术进行切除。手术之前会注射麻醉，等到麻醉见效之后，使用专门的器具将囊肿切除，以免引发严重的并发症。如果患者比较年轻，可以通过手术剥离的方式来改善，没有了生育的需求时，可以将整个卵巢切除，以免病情持续发展。
做完手术之后，需要遵医嘱使用抗生素类的药物，比如头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等，能够有效的抑制炎症反应。如果出现了明显的疼痛症状，可以遵医嘱使用具有止痛作用的药物，比如布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等，有利于疾病的恢复。