儿童使用普通显微镜可能会导致眼部疲劳，出现干眼症，但如果是适当使用儿童用的显微镜一般不会有危害。
1、普通显微镜
使用显微镜长时间的将视线聚焦在近处的物体上，需要眼睛持续性动用调节力来看清楚近处的东西，时间久了会造成眼球内部的睫状肌过度收缩，从而引起眼疲劳。若长时间用眼过度，容易眼睛干涩、疼痛，有时还会伴有眼红、眼内异物增多等状况。显微镜需长时间集中的观察近处的物体，造成眼部肌肉痉挛，从而形成假性近视，若不及时改正，则会进一步形成真性近视，本身有近视眼的患者，还会加深近视度数。
2、儿童用显微镜
这种显微镜是专为儿童使用设计的，充分考虑了儿童与成人的生理差异，如果合理使用一般不会有危害。
如果儿童因为学习的需求，需要长期观察显微镜，无法减少用眼时间，为了避免带来的伤害，建议在休息时间多眺望远处，做眼保健操放松眼部肌肉，同时可配合热敷来缓解眼部不适。