一般来说，维生素B12比甲钴胺的副作用稍微大一点，但总体来说，两者药物都比较温和。
甲钴胺能够促进叶酸的利用和核酸代谢，常用于治疗周围神经病以及因缺乏维生素B12导致的巨幼红细胞性贫血等疾病，服用以后可能会伴随着食欲不振、恶心、呕吐等副作用，少数患者还可能会伴随着皮疹、荨麻疹的现象。维生素B12是一种营养神经的治疗药物，常用于治疗和预防维生素B12缺乏症、末梢神经炎等疾病，但是服用药物以后可能会出现皮疹、瘙痒、腹泻等副作用。但维生素B12在吸收后需要先在肝脏代谢，转化为甲钴胺，才能发挥作用。因此，维生素B12会增加肝脏的负担，而甲钴胺不需要。但总体来说，这两个药物的副作用都不大。
但是在日常生活中，服用药物时需要严格遵循医嘱，不可盲目用药，以免给自身带来不必要的伤害。并且在服用药物的过程当中，还要注意饮食的清淡。